だいぶ前の記事ですが、

>「警察に協力的すぎたのが問題だった」Winny裁判の結審で金子氏がコメント
>http://internet.watch.impress.co.jp/cda/news/2006/09/05/13199.html

winnyの開発者、金子氏は警察に協力的すぎたらしいです。
まぁ俺も、部屋に警察が何人か押し入ってきてソースコードくれ って言われたら断れないだろうなたぶん。 無言の圧力とかそういうものがあるんだと思います。

金子氏はWinnyの開発を止めるという誓約書を書いてしまったそうで、
セキュリティ上のバージョンアップさえもできないそうです。

anntinyのようなwinnyを経由して広まるウイルスは、winnyにハードコードされてる
"UpFolder.txt"にフォルダを 追加しちゃうんですよねたしか。
それならば、その名前を 変えれば簡易的な対策にはなるんじゃないでしょうか。
それぐらいならソースコードがなくてもバイナリを弄って 変えられるんじゃないかなーたぶん。
誰かパッチ作ってください。